Ege Üniversitesi Fen Fakültesine bağlı bir Tabiat Tarihi Müzesi kurulması düşüncesi, ilk kez 1963 yılında ortaya atılmış ve 1967 yılında yaşama geçirilmiştir. Tabiat Tarihi Müzesi 1973 yılında Cumhuriyet’in 50. yılı kutlama programı çerçevesinde, doğa ve doğa tarihi ile ilgili objeleri ilk kez topluma sunmuştur. Tabiat Tarihi Müzesi, bir müddet enstitü statüsünde faaliyet gösterdikten sonra, Fen Fakültesi Kurulu’nun önerisi, Senatonun 22.10.1991 tarih ve 11/7 sayılı kararı ve Yükseköğretim Kurulu’nun 19.06.1991 tarih ve 2887 sayılı onayı ile Rektörlüğe “Tabiat Tarihi Araştırma ve Uygulama Merkezi” olarak bağlanmıştır.
Tabiat Tarihi Uygulama ve Araştırma Merkezi yapısındaki Tabiat Tarihi Müzesi, Ankara Maden Tetkik ve Arama Genel Müdürlüğündeki Tabiat Tarihi Müzesinden sonra, Türkiye’de kurulmuş ikinci büyük Tabiat Tarihi Müzesidir. Ayrıca, Fen Bilimlerine bağlı Tabiat Tarihi Anabilim Dalında uyguladığı Yüksek Lisans Eğitim Programı ve doğa tarihi bilim dalında araştırma yapan kadrosu ile Türkiye’nin ilk Üniversite yapısındaki akademik Müzesidir.
Tabiat Tarihi Müzesi, tüm doğa tarihi ve doğa zenginliklerinin toplandığı, korunduğu ve belirli bir sistematik ve evrimsel düzen içerisinde sergilendiği görsel ve bilimsel bir ortamdır. Tabiat Tarihi Müzeleri, bir bağlamda doğanın tüm görkemiyle ve gizemiyle toplumun hizmetine bir zaman tünelinde gibi sunulduğu ortalardır. Ayrıca, doğanın gizemi topluma çeşitli panolarla ve dioramalarla sunulmaya çalışılırken, 4,5 milyar yıl önce oluşmuş dünyamızın geçirdiği evrimi anlamaya, öğrenmeyi ve sorgulamayı da amaçlamaktadır.
Merkez elemanları tarafından müzeyi ziyarete gelenlere sunulan çeşitli konferanslar, film ve slayt gösterileri (evrenin, gezegenlerin ve yeryuvarının oluşumu, canlı ve cansız evrim, volkanizma ve depremler gibi) doğayı tüm kanıtlarıyla topluma daha yakından tanıtmaktadır. Bu etkinlikler, toplumu ve özellikle ilköğretim ve lise öğrencilerini çevremizdeki tüm doğa olayları hakkında bilgilendirmeyi, doğayı sevmeyi, korumayı ve onun bir parçası olduğumuz bilincini yerleştirmeyi amaçlamaktadır. Ayrıca, merkez elemanları tarafından doğadaki tüm canlıların özellikle nesli tükenmekte olan kuşlar ve memelilerin koruma altına alınması gerekliliği toplumun tüm kesimlerine dönük olarak vurgulanmaktadır. Bu işlevleri yanısıra, Tabiat Tarihi Müzesi, Türkiye’nin zengin paleofauna, paleoflora, kayaç-mineraller ve güncel biyolojik zenginlikleri ile ilgili çalışmalar yaparak bunları çeşitli yayınlarla bilim dünyasına tanıtılmakta; aynı zamanda yurtiçi ve yurtdışı benzer kuruluşlarla işbirliğine olanak sağlayan bir araştırma merkezidir.
Müzedeki objelerin bir kısmı bağış olup, bağışlayan kişi veya kuruluşun adı belirtilmektedir. Bağış yapanların isimleri Müzede sonsuza kadar yaşayacaktır. Kuruluşundan beri ziyaretçi sayısının her geçen gün sürekli artması, ziyaretçilerin Müze elemanlarına ilginç fosil, kayaç-mineral ve güncel biyolojik objeler hakkında bilgi sağlamaları toplumun Müzeye olan sevgi ve ilgisini göstermektedir. Gelecek kuşaklara aktarabileceğimiz bu kültür ve eğitim merkezinin daha fazla gelişmesi uluslararası standartlara kavuşması doğaya ve kültüre duyarlı olan kişilerin katkıları ile sağlanabilir.